Как извлечь образцы прозита для Ciona intestinalis с помощью Biomart - PullRequest
Новая
       37

Как извлечь образцы прозита для Ciona intestinalis с помощью Biomart

0 голосов
/ 06 июня 2018

Используя Biomart, я смог извлечь образцы проситов для списка генов для нескольких видов.

например, для людей, чтобы извлечь образцы прозитов для гена foxa3, я бы использовал код: 

library(biomaRt)
ensembl[["hsapiens"]] <- useMart("ensembl", "hsapiens_gene_ensembl")

ensembl <- list()

prosite_foxa3_hsapiens <- getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", 
                                      "scanprosite_start", 
                                      "ensembl_transcript_id", 
                                      "transcript_biotype"),
                       filters = "external_gene_name",
                       values = "foxa3" , 
                       mart = ensembl[["hsapiens"]])

Я хотел бы иметь возможность просто изменить витрину на соответствующую витринудля Ciona intestinalis и используйте те же атрибуты, например, 

library(biomaRt)

ensembl[["cintestinalis"]] <- useMart("ensembl", "cintestinalis_gene_ensembl")


prosite_foxa-a_cintestinalis <- getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", 
                                      "scanprosite_start", 
                                      "ensembl_transcript_id", 
                                      "transcript_biotype"),
                       filters = "external_gene_name",
                       values = "foxa-a" , 
                       mart = ensembl[["cintestinalis"]])

К сожалению, при использовании listAttributes(ensembl[["cintestinalis"]]) для Ciona intestinalis атрибут «'начало паттерна просети” отсутствует, хотя они доступны на веб-сайте Ensembl.,

Интересно, может быть, есть обходной путь для этого?

...