Внутренние ошибки сервера при запросе biomart? - PullRequest
Новая
       30

Внутренние ошибки сервера при запросе biomart?

0 голосов
/ 03 февраля 2020

При выполнении команд R с пакетом biomaRt я часто получаю сообщение об ошибке «Внутренняя ошибка сервера (HTTP 500)». с такими базовыми c командами, как 

ensembl<-useMart("ensembl")
ensembl <- useMart("ensembl", dataset="hsapiens_gene_ensembl")

Однако эти команды иногда работают. Я не уверен, является ли это проблемой на стороне сервера Biomart, или есть что-то, что может вызывать его на моем конце, как старый пакет (я попытался переустановить Biomart). Кто-нибудь имел дело с подобной проблемой?

1 Ответ

3 голосов
/ 03 февраля 2020

Я обошел это, установив зеркальный аргумент "useast". Допустимые параметры зеркала: «www», «uswest», «useast», «asia». Если зеркало не указано, будет использоваться основной сайт на www.ensembl.org (кажется, что они перегружены на основном). 

ensembl = useEnsembl(biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl", mirror = "useast")
...