Excel: продолжить, как сохранить в файл CSV после изменения R - PullRequest
Новая
       42

Excel: продолжить, как сохранить в файл CSV после изменения R

0 голосов
/ 19 февраля 2020

Относится к Невозможно использовать пакет biomaRt для получения символов гена из идентификаторов Entrez

Код работает как чудо, но я хотел бы сохранить его в моем текущем CSV-файл, а не только его «просмотр» (добавление дополнительного столбца также поможет, у меня более 65 тыс. Идентификаторов) 

library(biomaRt)
marts <- listMarts()
ensembl <- useMart("ensembl")
datasets <- listDatasets(ensembl)
ensembl=useDataset("hsapiens_gene_ensembl",mart=ensembl)
attributes <- listAttributes(ensembl)
my_ids <- read.csv("LUADhtseq.csv")
ensembl = useEnsembl(biomart="ensembl", dataset="hsapiens_gene_ensembl")
results_end_1 <- getBM(attributes = c("ensembl_gene_id","external_gene_name"), values = my_ids, mart = ensembl )
View(results_end_1)

1 Ответ

1 голос
/ 19 февраля 2020

Вы возвращаете все записи в ансамбле, и вам нужно объединить: 

my_ids = data.frame(ids=c("ENSG00000130203","ENSG00000136717","ENSG00000186868"))

df = merge(my_ids,results_end_1,by.x="ids",by.y="ensembl_gene_id")
df
              ids external_gene_name
1 ENSG00000130203               APOE
2 ENSG00000136717               BIN1
3 ENSG00000186868               MAPT

Или вам нужно установить опцию «filters», чтобы получить записи в my_ids: 

out <- getBM(attributes = c("ensembl_gene_id","external_gene_name"), 
values = my_ids, mart = ensembl,filters="ensembl_gene_id")

  ensembl_gene_id external_gene_name
1 ENSG00000130203               APOE
2 ENSG00000136717               BIN1
3 ENSG00000186868               MAPT

А можно написать: 

write.csv(out,"out.csv",row.names=FALSE,quote=FALSE)
...