Использование спреда с дублирующимися идентификаторами для строк, дающих ошибку - PullRequest
Новая
       35

Использование спреда с дублирующимися идентификаторами для строк, дающих ошибку

0 голосов
/ 09 мая 2018

Мои данные выглядят так: 

df <- read.table(header = T, text =
        "GeneID    Gene_Name   Species    Paralogues    Domains   Functional_Diversity
         1234      DDR1        hsapiens   14            2         8.597482
         5678      CSNK1E      celegans   70            4         8.154788
         9104      FGF1        Chicken    3             0         5.455874
         4575      FGF1        hsapiens   4             6         6.745845")

Мне нужно, чтобы он выглядел как: 

   Gene_Name    hsapiens    celegans    ggalus
   DDR1         8.597482    NA          NA
   CSNK1E       NA          8.154788    NA
   FGF1         6.745845    NA          5.455874

Я пытался использовать: 

library(tidyverse)
df %>% 
    select(Gene_Name, Species, Functional_Diversity) %>% 
    spread(Species, Functional_Diversity)

Мои фактические данные состоят из 130 000 строк (многие из имен генов приблизительно 14 000 уникальны), состоящих из 9 видов.

Когда я применяю этот метод к своим фактическим данным, я получаю: 

Error: Duplicate identifiers for rows (16691, 19988), (20938, 21033), (1232, 21150), (2763, 21465), (1911, 20844), (17274, 17657, 18293, 18652, 18726, 19006, 19025), (496, 22555), (17227, 17608, 18211, 18605, 18676, 18967, 19002), (13569, 21807), (10261, 21014, 21607), (20816, 21553), (2244, 22025), (6194, 21910), (12217, 21555), (2936, 21078), (16484, 20911), (12216, 21851), (9289, 21791), (10340, 21752), (1714, 22077), (13216, 22618), (6076, 22371), (14731, 21717), (160, 22472), (11553, 22635), (17183, 17583, 18510, 18608, 18661, 18896, 19108), (138, 20028), (17185, 17584, 18330, 18415, 18500, 18981, 19063), (9726, 22440), (17238, 17617, 18905, 18960, 18996, 19134), (1638, 21645), (4631, 20821), (9162, 22463), (319, 20900), (13600, 22227), (9312, 20011), (14825, 21711, 21764), (3381, 21134), (505, 21133), (5954, 20013), (5948, 21313), (17233, 17612, 18187, 18311, 18411, 18708, 18980), (16953, 20902, 21845), (20710, 22477), (20519, 20973), (10204, 21197, 21213), (2933, 20707), (4302,

1 Ответ

0 голосов
/ 10 мая 2018

Чтобы увидеть только строки, которые имеют «Дублирующие идентификаторы», вы можете использовать ... 

df %>% 
  group_by(Gene_Name, Species) %>% 
  mutate(n = n()) %>% 
  filter(n > 1)

Чтобы обеспечить работу spread, даже если у вас есть строки с повторяющимися идентификаторами, вы можете добавить столбец с номером строки, который будет гарантировать, что каждая строка уникальна ... 

df %>% 
  select(Gene_Name, Species, Functional_Diversity) %>% 
  mutate(row = row_number()) %>% 
  spread(Species, Functional_Diversity)
...