Установите пакет biomaRt (версия 3.5.2 R) для Linux (Ubuntu для Windows) - PullRequest
Новая
       42

Установите пакет biomaRt (версия 3.5.2 R) для Linux (Ubuntu для Windows)

0 голосов
/ 01 марта 2019

Я пытаюсь установить пакет Biomart, и я использовал этот код: 

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite("biomaRt")
    library("biomaRt")

, и я получаю это предупреждение: 

Warning messages:
1: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘curl’ had non-zero exit status
2: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘openssl’ had non-zero exit status
3: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘XML’ had non-zero exit status
4: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘RCurl’ had non-zero exit status
5: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘httr’ had non-zero exit status
6: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘biomaRt’ had non-zero exit status

Кто-то, чтобы помочь, пожалуйста?Спасибо.

1 Ответ

0 голосов
/ 01 марта 2019

Проблема здесь в том, что R должен скомпилировать другие пакеты R: curl, openssl, XML, RCurl.Для этого на вашей платформе Linux необходимо установить библиотеки разработки .

Часто можно догадаться, как их можно назвать: если R-пакет "XXX" является проблемой, вам нужнодо apt-cache search за что-то вроде libXXX-dev.Часто имя включает в себя также номер.Таким образом, вы можете попробовать, например, из командной строки: 

sudo apt-get update
apt-cache search libcurl | grep dev

найти libcurl пакетов разработки.

Затем вы можете установить их, например: 

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

Как минимум, я думаю, вам нужно что-то вроде: 

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
sudo apt-get install libxml2-dev

Затем попробуйте установить пакет R снова.Запишите любые сообщения об ошибках, при необходимости установите больше библиотек, повторяйте их до тех пор, пока они не будут работать.

Веб-поиск с соответствующими терминами должен найти дополнительную информацию о необходимых системных зависимостях для установки.

...