cp -as /root/absolute/path/name dest_dir
будет делать то, что вы хотите. Обратите внимание, что имя источника должно быть абсолютным путем, оно не может быть относительным. В противном случае вы получите эту ошибку: «xyz-file: может создавать относительные символические ссылки только в текущем каталоге.»
Кроме того, будьте осторожны с тем, что вы копируете: если dest_dir уже существует, вам придется сделать что-то вроде:
cp -as /root/absolute/path/name/* dest_dir/
cp -as /root/absolute/path/name/.* dest_dir/