Одним из способов является то, что вы можете иметь div с некоторым Id и обращаться к нему с помощью jQuery и добавлять html элемента управления, который вы хотите, к этому div. (все ваши динамические элементы управления, которые вы хотите добавить, могут войти в этот div)
<div id="ControlsContainer"> </div> <!-- this is in the aspx page -->
В сценарии Java вы можете сделать что-то вроде этого
var previousHtml = $("#ControlsContainer").html();
$("#ControlsContainer").html(previousHtml + "<input type='text' value='something'>");
Спасибо