См. Документацию для различных способов настройки порта HTTPS не по умолчанию.
Какой подход лучше всего подходит для вашего сценария, зависит от того, как настроено и размещено ваше приложение.Например, вы можете добавить параметр:
public static IWebHostBuilder CreateWebHostBuilder(string[] args) =>
WebHost.CreateDefaultBuilder(args)
.UseSetting("https_port", "5001")
.UseStartup<Startup>();