Есть доказательство, хотя я его не знаю. Ищите учебник Сипсера по этому вопросу, откуда я об этом знаю.
Очистка моей памяти: в основном, существует уникальный минимальный DFA для данного DFA, и есть алгоритм минимизации, который всегда завершается. Минимизируйте и A и B, и посмотрите, имеют ли они одинаковый минимальный DFA. Я не знаю сложности минимизации, хотя это не так уж плохо (я думаю, что это полином). Изоморфизм графов довольно сложно вычислить, но, поскольку есть специальный начальный узел, возможно, будет несколько проще. Вы можете даже не требовать изоморфизма графов, если честно.
Но нет, вам вообще не нужно запускать DFA, просто проанализируйте их структуру.