Я не ожидал, что отвечу на свой вопрос, но после 2 дней изнурительной боли и выходных, чтобы поэкспериментировать, кажется, что это проблема:
Учебное пособие и мои примеры должны работать, но , кажется, есть небольшой недостаток в том, как phpdoc интерпретирует значения переключателя . Вот что я использовал:
phpdoc -o HTML:Smarty:HandS
-d "/path/to/code/classes/", "/path/to/code/docs/tutorials/"
-t /path/to/output
Однако, если вы используете следующее:
phpdoc -o HTML:Smarty:HandS
-d /path/to/code/classes/, /path/to/code/docs/tutorials/
-t /path/to/output
Он будет правильно форматировать ваши учебные пособия и расширенные документы, все что я сделал, это отбросил двойные кавычки , окружающие пути к каталогам. Одинарные кавычки не работают вообще - так как сам phpdoc упаковывает каталоги в двойные кавычки, если нет пробелов ... это действительно похоже на ошибку с phpdoc, и то же поведение происходит с веб-интерфейсом, поэтому это вопрос. Моя первоначальная попытка должна была сработать, но я не связался бы с разработчиками и довел ее до сведения.
Проблема решена.