ITK Elastix отсекает часть изображения от zstack при регистрации 3D изображения - PullRequest
0 голосов
/ 19 февраля 2019

Я новичок в ITK и Elastix, и у меня возникают проблемы при регистрации 3D-изображений на zstack рыбок данио.Мои изображения имеют 16-битную низкоконтрастную градацию серого и имеют разрешение 9424x2048 пикселей.Я установил в Elastix жесткое преобразование, выравнивая движущееся изображение по фиксированному изображению, но после перевода движущееся изображение обрезается, и я не уверен почему.Zstack имеет 29 уровней, и ниже я показываю z = 10. Поправьте меня, если я ошибаюсь, но я считаю, что интенсивность z-среза хвоста рыбы выглядит по-разному из-за вращения.

Я хотел бы знать, почему изображение обрезается и что я могу попробовать, чтобы это исправить.Спасибо!

Original moving image at z = 10

Translated image - cut off, z = 10

...