Я предпочитаю VS2010 Diffmerge. Вы можете установить его для сравнения и слияния легко.
Для внешнего инструмента Diff:
"$(ProgramFiles)\Microsoft Visual Studio 10.0\Common7\IDE\diffmerge.exe" "$(Base)" "$(Mine)"
Внешний инструмент слияния:
"$(ProgramFiles)\Microsoft Visual Studio 10.0\Common7\IDE\diffmerge.exe" /merge $(Theirs) $(Mine) $(Base) $(Merged)
И, к счастью, он появляется на панели задач.