В результате миграции pdfbox с версии 1.8.6 на 2.0.12 следующий код
document = PDDocument.load(pdfDocumentAsInputStream);
final COSDictionary trailer = document.getDocument().getTrailer();
final COSDictionary root = (COSDictionary) trailer.getDictionaryObject(COSName.ROOT);
final COSDictionary acroForm = (COSDictionary) root.getDictionaryObject(COSName.ACRO_FORM);
final COSArray fields = (COSArray) acroForm.getDictionaryObject(COSName.FIELDS);
возвращает ноль при
final COSDictionary acroForm = (COSDictionary) root.getDictionaryObject(COSName.ACRO_FORM);
InputStream действителен, первые строкиработа.