Вы можете использовать свойство 'Visible'
фигуры, чтобы скрыть его во время выполнения ваших циклов и показать его позже.
Вставьте это перед циклом while
:
figure();
set(gcf, 'Visible', 'off');
, а теперь в конце кода сделайте его снова видимым с помощью:
set(gcf, 'Visible', 'on');