D3 по умолчанию использует элементы DOM, и, как правило, большое количество элементов DOM на странице может сделать ее очень медленной и не отвечающей.
Библиотеки, использующие HTML-холст, в целом более масштабируемы.Взгляните на Sigma.js .Он может отображать на HTML-холсте и должен обрабатывать большие графы, чем D3.
D3 поддерживает отображение на Canvas , но я не уверен, есть ли какой-либо из графиков на основе D3библиотеки поддерживают Canvas или нет.