PDO является родным и довольно быстрым.
ADOdb - более богатая библиотека, в которой есть такие вещи, как ORM (Object Relational Mapping).
Для меня большой недостаток PDO - это ужасно отлаживать, когда он идет не так, как надо, поскольку для него нет PHP-источника. Когда я отлаживал какой-то сложный код, единственный способ увидеть точный SQL-запрос - это подкласс самого драйвера PDO ...
Это все мнение, хотя, конечно!