Преобразование FASTQ в FASTA с помощью SED / AWK - PullRequest
Новая
       133

Преобразование FASTQ в FASTA с помощью SED / AWK

17 голосов
/ 09 октября 2009

У меня есть данные, которые всегда поступают в блоке из четырех в следующем формате (называемом FASTQ): 

@SRR018006.2016 GA2:6:1:20:650 length=36
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGN
+SRR018006.2016 GA2:6:1:20:650 length=36
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!+!
@SRR018006.19405469 GA2:6:100:1793:611 length=36
ACCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
+SRR018006.19405469 GA2:6:100:1793:611 length=36
7);;).;);;/;*.2>/@@7;@77<..;)58)5/>/

Есть ли простой способ sed / awk / bash конвертировать их в этот формат (называемый FASTA): 

>SRR018006.2016 GA2:6:1:20:650 length=36
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGN
>SRR018006.19405469 GA2:6:100:1793:611 length=36
ACCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC

В принципе, мы хотим извлечь первые две строки в каждом блоке из 4 и замените @ на >.

Ответы [ 13 ]

1 голос
/ 09 октября 2009

Что-то вроде: 

awk 'BEGIN{a=0}{if(a==1){print;a=0}}/^@/{print;a=1}' myFastqFile | sed 's/^@/>/'

должно работать.

1 голос
/ 09 октября 2009

Вот решение проблемы «пропустить каждую вторую строку» проблемы, которую я только что узнал из SO: 

while read line
do
    # print two lines
    echo "$line"
    read line_to_print
    echo "$line_to_print"

    # and skip two lines
    read line_to_skip
    read line_to_skip
done

Если все, что нужно сделать, это заменить один @ на >, тогда я считаю 

while read line
do
    echo "$line" | sed 's/@/>/'
    read line
    echo "$line"

    read line_to_skip
    read line_to_skip
done

сделает работу.

1 голос
/ 09 октября 2009 
awk 'BEGIN{P=1}{if(P==1||P==2){gsub(/^[@]/,">");print}; if(P==4)P=0; P++}' data

>SRR018006.2016 GA2:6:1:20:650 length=36
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGN
>SRR018006.19405469 GA2:6:100:1793:611 length=36
ACCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC

ниже 

awk '{gsub(/^[@]/,">"); print}' data

где data - ваш файл данных. Я получил: 

>SRR018006.2016 GA2:6:1:20:650 length=36
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGN
+SRR018006.2016 GA2:6:1:20:650 length=36
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!+!
>SRR018006.19405469 GA2:6:100:1793:611 length=36
ACCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
+SRR018006.19405469 GA2:6:100:1793:611 length=36
7);;).;);;/;*.2>/@@7;@77<..;)58)5/>/
Страница:
...