scan (file ... Ошибка и различное количество наблюдений при чтении в convert.inp - PullRequest
0 голосов
/ 19 февраля 2019

Я пытаюсь прочитать данные из набора, используя convert.inp () в пакете RMark.

Мой набор данных содержит индивидуальные идентификационные номера, историю повторного поимки (т.е. 0101..00101 ...), место, вид, возраст, пол, вес и бремя паразитов.Я отформатировал данные в .inp с сайтом в качестве группы - сразу после истории повторного поимки - и с видом в качестве группы во втором файле .inp.Оба файла имеют /* */ комментариев для заголовков столбцов и для уникального идентификационного номера.Файл Site as group хорошо читается с 213 наблюдениями 22 переменных.Файл Species as group вызывает следующую ошибку:

Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  : 
line 2 did not have 37 elements

Если я удаляю комментарии заголовка столбца /* */, файл будет считан, но содержит только 211 наблюдений 13 переменных.

Почему я вообще получаю эту ошибку?И почему у меня меньше наблюдений во втором файле, просто удаляя заголовок столбца?

Вот код, который я пробовал:

Файл 1 Сайт как группа:

SiteGroup <- convert.inp("SiteGroup.inp", group.df = data.frame(Site= c("Albany Pine Bush", "SChroon Lake")), covariates = c("Peromyscus", "Tamias striatus", "Myodes gapperi", "Blarina brevicauda", "Sorex cinereus", "Tamiasciurus hudsonicus", "Glacomys volans", "Glacomys sabrinus", "Napeaozapus insignis", "Mustela frenata", "Sorex hoyi", "Male", "Female", "Juvenile", "Adult", "Weight (g)", "dWeight (g)", "Length (cm)", "Avg Tick Burden"), use.comments = TRUE)

* выдает предупреждающие NA, введенные путем принуждения - мне не хватает веса для 1отдельный

Файл 2 вида в виде группы с заголовком столбца:

SpeciesGroup <- convert.inp("SpeciesGroup.inp", group.df = data.frame(Species = c("Peromyscus", "Tamias striatus", "Myodes gapperi", "Blarina brevicauda", "Sorex cinereus", "Tamiasciurus hudsonicus", "Glacomys volans", "Glacomys sabrinus", "Napeaozapus insignis", "Mustela frenata", "Sorex hoyi")), covariates = c("Albany Pine Bush", "Schroon Lake", "Male", "Female", "Juvenile", "Adult", "Weight (g)", "dWeight (g)", "Length (cm)", "Avg Tick Burden"), use.comments = TRUE)

Выход файла 2:

Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  : 
line 2 did not have 37 elements

1 Ответ

0 голосов
/ 20 февраля 2019

После экспорта преобразованного фрейма данных в виде .csv я смог сравнить каждую строку из файла группы видов с исходным файлом и обнаружил, что у двух двух человек было по 0 во всех полях для кода вида.

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...