Обычно это происходит, когда вы забыли раскомментировать строку № 21 (в моем случае), когда у вас opencv3, или если вы не проверили версию должным образом. Если opencv> = 3.0, то в make-файле в строке 181 (в моемcase) добавьте библиотеки типа
LIBRARIES += glog gflags protobuf leveldb snappy \
lmdb boost_system hdf5_hl hdf5 \
opencv_core opencv_highgui opencv_imgproc opencv_imgcodecs
, а также обязательно перестройте.