Я создаю отчеты, используя R, RStudio, knitr и packrat.У меня есть структура папок проекта, подобная приведенной ниже:
project_folder/
- packrat/
- .Rprofile
- analaysis_folder/
- library.R
- child.rnw
- data_folder/
- knitr_rnw_location/
- file.rnw
- .Rprofile
И я настроил .Rprofile с соответствующими строками в главном project_folder и подкаталоге файла .rnw, в соответствии срекомендации, приведенные на Страница ограничений и предупреждений RStudio .
Когда я запускаю packrat::init() на уровне project_folder, папка packrat создается.Затем, когда я открываю file.rnw, библиотека packrat полностью настроена.
Однако, когда я выполняю packrat::snapshot(), она выдает ошибки
Unable to tangle file knitr_rnw_location/file.rnw; cannot parse depndencies
и терпит неудачу.Есть ли способ сказать packrat игнорировать мои .rnw файлы?Все library() вызываются из отдельных .R скриптов и source() через .rnw файлы.Он также ищет любые переменные, объявленные в чанках knitr, и выдает ошибку
Error in eval(x, envir = envir): object 'my_variable_name' not found
В конце концов, он заявляет
Snapshot written to "~/project_folder/packrat/packrat.lock"
Так что я могутолько предположим, что packrat::snapshot() был успешным.Кто-нибудь еще сталкивался с такой же проблемой при работе с knitr и packrat?
Очень ценится,