Разница в libpath между Rstudio и Knitr с пакратом - PullRequest
Новая
       32

Разница в libpath между Rstudio и Knitr с пакратом

0 голосов
/ 19 октября 2018

У меня есть файл RMD.Я могу связать это с knitr от интерфейса RStudio.Но когда я пытаюсь запустить отдельный блок в консоли, я получаю ошибки:

Error in library(bla) : there is no package called bla

, где bla - мой домашний пакет.Я не установил bla в свой текущий проект.Я инициализировал packrat и bla отсутствует в каталогах packrat.Так что оба способа не должны работать.

Позвоните .libPaths() показывает мне 

> .libPaths()
[1] "/home/user/projdir/packrat/lib/x86_64-pc-linux-gnu/3.4.0" 
[2] "/home/user/projdir/packrat/lib-ext/x86_64-pc-linux-gnu/3.4.0" 
[3] "/home/user/projdir/packrat/lib-R/x86_64-pc-linux-gnu/3.4.0"

Я добавил .libPaths() звонок в мой документ и получил: 

[1] "/home/user/Documents/projdir/packrat/lib/x86_64-pc-linux-gnu/3.4.0"
[2] "/home/user/Documents/projdir/packrat/lib-ext/x86_64-pc-linux-gnu/3.4.0"   
[3] "/home/user/Documents/projdir/packrat/lib-R/x86_64-pc-linux-gnu/3.4.0"   
[4] "/home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4"
[5] "/usr/local/lib/R/site-library"
[6] "/usr/lib/R/site-library"
[7] "/usr/lib/R/library"

Почему пути различаются?И как я могу заставить knitr использовать пакеты только из packrat?

...