Ошибка, по-видимому, связана с тем, что INLA не является пакетом для CRAN, а packrat пытается найти руководство и создать виньетки.
Я использую packrat 0.5.0 и R 3.6.1
Error in snapshotSources(project, activeRepos(project), allRecordsFlat) :
Errors occurred when fetching source files:
Error : Command failed (1)
Failed to run system command:
"C:/PROGRA~1/R/R-36~1.1/bin/x64/R" --vanilla CMD build "C:\Users\jc873\R\R-3.61\library\INLA" --no-manual --no-resave-data --no-build-vignettes
The command failed with output:
* checking for file 'C:\Users\jc873\R\R-3.61\library\INLA/DESCRIPTION' ... OK
* preparing 'INLA':
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK
Warning in file(con, "r") :
cannot open file 'man': No such file or directory
ERROR
computing Rd index failed:cannot open the connection