ls -Z /HOMEPATH/work_directory/centrifuge_recentrifuge/
drwxr-xr-x. root root system_u:object_r:httpd_sys_content_t:s0 reads
Это говорит о том, что единственный владелец каталога centrifuge_recentrifuge имеет право создавать элементы в этом каталоге, а владельцем каталога является пользователь root.Таким образом, только root может создавать элементы в этом каталоге.
Предположительно, вы не запускали программу singularity, когда вошли в систему как root, и поэтому программе не удалось создать файл classification_result,Он также не смог бы создать файл classification_summary, даже если бы попытался это сделать.
Я не знаю, есть ли у вас особые причины для того, чтобы этот каталог принадлежална root.Если вы это сделаете, то программа сможет создать эти файлы только в том случае, если вы запустите ее как пользователь root.Конечно, обычно плохая идея использовать учетную запись root для чего-либо, кроме системного администрирования.
Обычный подход состоит в том, чтобы каталог HOMEPATH и все находящиеся под ним файлы принадлежали отдельному лицу (не root) пользователь, для которого был создан этот конкретный HOMEPATH.В этой модели этот отдельный пользователь будет владельцем каталога centrifuge_recentrifuge, и поэтому, если вы запустите программу singularity, когда войдете в систему как этот пользователь, она сможет создавать там все необходимые ему файлы.
Чтобы добраться до той ситуации, в которой вы сейчас находитесь, изменить владельца HOMEPATH и все, что под ним, вы можете войти в систему как root (или использовать sudo) и затем запустить:
chown -R myuser /HOMEPATH
, где myuser - имя пользователя учетной записи, для которой HOMEPATH является домашним каталогом.
Этого должно быть достаточно для запуска программы.Однако для полноты картины вы также должны изменить владельца группы на HOMEPATH и все, что находится под ним, в соответствии с группой отдельного пользователя.Для этого выполните:
chown -R myuser:mygroup /HOMEPATH
, где mygroup - группа, в которой содержится пользователь myuser.Если вы не знаете, каким должно быть имя этой группы, войдите в систему как myuser и выполните команду id -ng.Обычно имя группы совпадает с именем пользователя, поэтому не удивляйтесь, если результат этой команды id совпадает с myuser.В некоторых системах вы можете запустить:
chown -R myuser: /HOMEPATH
с двоеточием : после myuser, и команда определит для вас имя группы.Если это работает в вашей системе, вам не нужно танцевать id -ng.