Если я вас правильно понимаю, у вас есть папка / bin внутри вашего проекта, и вы хотите зафиксировать двоичный файл python в вашем git-репозитории.
Оставляя в стороне, почему, потому что я не вижу причин когда-либовключить двоичный файл python в репозиторий, я думаю, почему bin/python и bin/python3.6 не отображаются / не открываются, потому что они просто символические ссылки на фактический двоичный файл, который находится где-то еще.
Вы можете проверить это в терминале, набрав ls -lah во встроенном терминале VSC в папке bin.
Пример выходных данных от меня выглядит следующим образом:
$ ls -lah /opt/local/bin/python*
lrwxr-xr-x 1 root 73 Oct 1 18:01 python2 -> /opt/local/bin/python2.7*
-rwxr-xr-x 2 root 14K Oct 1 09:56 python2.7
lrwxr-xr-x 1 root 24 Jan 22 13:47 python3 -> /opt/local/bin/python3.7*
-rwxr-xr-x 2 root 14K Dec 30 09:56 python3.7
Обратите внимание на l в начале некоторых строк, сигнализирующих, что эти записи являются символическими ссылками, которые указывают надругое местоположение (где в моем случае отображается после -> в конце)
Я все еще задаюсь вопросом, почему вы хотели бы, чтобы ваш двоичный файл python в репозитории git был первым.