Удостоверьтесь, что вы даете своим диаграммам идентификатор и runat = "server" ...
<asp:Chart ID="ChartTest" runat="server" Width="800px" Height="300px">
</asp:Chart>
Тогда вы можете напрямую получить доступ к свойствам LineColor:
ChartTest.ChartAreas[0].AxisY2.LineColor = Color.Black;
Или используя пользовательский цвет (из шестнадцатеричной строки):
Color customColour = System.Drawing.ColorTranslator.FromHtml("EEEEEE");
ChartTest.ChartAreas[0].AxisY2.LineColor = customColour