Как я могу преобразовать ось X тепловой карты теста избыточного представления KEGG, чтобы отображать генные символы вместо идентификаторов генных энтрез? - PullRequest
Новая
       8

Как я могу преобразовать ось X тепловой карты теста избыточного представления KEGG, чтобы отображать генные символы вместо идентификаторов генных энтрез?

0 голосов
/ 12 июня 2018

Я новичок в кодировании R (и в программировании в целом) и недавно выбрал его как требование для моей работы.Моя лаборатория использует пакет R под названием «clusterProfiler» для анализа нескольких белков, которые были обнаружены в наших образцах тканей.Используя следующий код, я смог успешно выполнить тест избыточного представления онтологии гена на образце набора данных, называемом «geneList», и создать тепловую карту биологических процессов, в которых участвуют выбранные гены. Код для этой процедуры следующий: 

devtools::install_github(
  c("guangchuangyu/enrichplot",
    "guangchuangyu/DOSE",
    "guangchuangyu/clusterProfiler",
    "guangchuangyu/ChIPseeker"))

library(DOSE)
library(enrichplot)
library(clusterProfiler)

data(geneList)

de <- names(geneList)[abs(geneList) > 2]

ego <- enrichGO(de,
                OrgDb = "org.Hs.eg.db",
                ont="BP",
                readable=TRUE)

ego2 <- simplify(ego)

heatplot(ego, foldChange=geneList)

Этот метод создает тепловую карту, которая отображает биологические процессы вдоль оси Y и список символов гена вдоль оси X (например, «ангиогенин» отображается как «ANG» вдольпо оси Х).

Проблема, с которой я сталкиваюсь, заключается в том, что когда я запускаю тест на избыточное представление KEGG для тех же данных и пытаюсь создать тепловую карту результатов, на оси X отображаются не генные символы, а генный энтрезИдентификаторы (которые представляют собой последовательность чисел).Вот код для теста избыточного представления KEGG и последующей тепловой карты: 

data(geneList)

gene <- names(geneList)[abs(geneList) > 2]

kk <- enrichKEGG(gene         = gene,
                 organism     = 'hsa')

heatplot(kk, foldChange = geneList)

Sample_KEGG_Heatplot

У меня такой вопрос: Как я могу преобразовать ось X тепловой карты теста избыточного представления KEGG для отображения символов гена вместо идентификаторов гена entrez?

1 Ответ

0 голосов
/ 02 февраля 2019

Вы можете просто преобразовать ENTREZ ID в символ гена, используя метод setRedable следующим образом: 

new_ego <- setReadable(ego, 'org.Hs.eg.db', 'ENTREZID', keyType ="SYMBOL")

heatplot(new_ego, foldChange = geneList)

Надеюсь, это поможет вам.

...