Плотно: как добавить текст из другого информационного кадра в матрицу тепловых карт в R? - PullRequest
Новая
       36

Плотно: как добавить текст из другого информационного кадра в матрицу тепловых карт в R?

0 голосов
/ 21 февраля 2019

Прочитав следующую запись , я попытался воспроизвести пример.Однако проблема в том, что у них есть простая матрица, где один столбец - это X, а другой - Y. В моем случае у меня есть несколько столбцов, которые я пытаюсь построить.См. Пример ниже.

Это воспроизводимый пример данных: 

testdata <- structure(list(P10 = c(1.3210675542847, 2.36327446015004, 2.57222510645425, 
1.51129279647688), P21 = c(0, 0, 0, 2.54308916286001), P12 = c(1.7753478270376, 
0, 1.5690304967756, 1.97404318110563), P18 = c(0, 0, 0, 2.72391520754351
), P5 = c(1.73384124079386, 2.94055776224166, 3.02224210965803, 
0)), row.names = c("Ras ", "p53  feedback loops 2", "Apoptosis ", 
"Metabotropic glutamate receptor group III "), class = "data.frame")

текст, который я хотел бы иметь в тепловой карте: 

structure(list(P10 = c("0", "0", "0", "0"), P21 = c("11/69", 
"11/47", "20/107", "11/64"), P12 = c("0", "0", "0", "0"), P18 = c("10/69", 
"0", "13/107", "10/64"), P5 = c("0", "0", "0", "0")), row.names = c("Ras ", 
"p53  feedback loops 2", "Apoptosis ", "Metabotropic glutamate receptor group III "
), class = "data.frame")

и следующий график.ly код: 

library(plotly)
f1 <- list(
    family = "Arial, sans-serif",
    size = 5,
    color = "lightgrey"
)

f2 <- list(
    family = "Old Standard TT, serif",
    size = 12,
    color = "black"
)

a <- list(
  title = "",
  titlefont = f1,
  showticklabels = TRUE,
  tickangle = 45,
  tickfont = f2,
  exponentformat = "E"
)

colorScale <- data.frame(z=c(0,0.1,0.1,0.2,0.2,0.3,0.3,0.4,0.4,0.5,0.5,0.6,0.6,0.7,0.7,0.8,0.8,0.9,0.9,1),col=c("#BEBEBE", "#0000FF","#0000FF", "#1C00E2","#1C00E2", "#3800C6","#3800C6", "#5500AA","#5500AA", "#71008D","#71008D", "#8D0071","#8D0071", "#AA0055","#AA0055", "#C60038","#C60038", "#E2001C","#E2001C", "#FF0000"))
colorScale$col <- as.character(colorScale$col)

plot_ly(z = as.matrix(testdata),
        zmin=0,
        zmax=6,
        x = colnames(testdata),
        xgap = 0.6,
        y = rownames(testdata),
        ygap =0.6,
        colorscale=colorScale ,
        type = "heatmap",
        colorbar=list(ypad = 50, tickvals=seq(6,0, -3), ticktext=c("6", "3", "0", "NA") )) %>%
    layout(xaxis = a,
           margin = list(l = 400,
                         r = 10,
                         b = 100,
                         t = 10)) %>%
add_annotations(text = as.character(text), 
              showarrow = F,
              font=list(color='black'))

создает следующую тепловую карту:

heatmap plot

Я пытался использовать разные подходы, такие как предоставление всего кадра данныхtext = text, или text = text[,1], но ничего не строилось ...

Что не так?Как я могу правильно отобразить текст, когда у меня есть другой текстовый фрейм, который я хочу добавить в карту тепла?

Редактировать 1 : пробовать ответ psyOle

Я попробовал предложенныйответ @psychOle, но он не работает, текст отображается, но не так, как должно быть в text.Проверьте это ниже:

psychOle plot

1 Ответ

0 голосов
/ 21 февраля 2019

Используйте t(text): 

plot_ly(z = as.matrix(testdata),
        zmin=0,
        zmax=6,
        x = colnames(testdata),
        xgap = 0.6,
        y = rownames(testdata),
        ygap =0.6,
        colorscale=colorScale ,
        type = "heatmap",
        colorbar=list(ypad = 50, tickvals=seq(6,0, -3), ticktext=c("6", "3", "0", "NA") )) %>%
  layout(xaxis = a,
         margin = list(l = 00,
                       r = 10,
                       b = 100,
                       t = 10)) %>%
  add_annotations(text=t(text), 
                  showarrow = F,
                  font=list(color='black'))

Пожалуйста, рассмотрите минимальный рабочий пример для вашего следующего вопроса.

...