Хорошее начало для такого рода проблем с медлительностью - это увеличение использования памяти PDI.Для этого вам нужно отредактировать ваш Spoon.bat (windows) / Spoon.sh (Linux).
В этом файле есть строка с этой информацией ...
if "%PENTAHO_DI_JAVA_OPTIONS% "==" "set PENTAHO_DI_JAVA_OPTIONS =" - Xms2048m "" -Xmx4096m "" -XX: MaxPermSize = 512m "
" - Xms2048m "- это сколько памяти будет начинаться с PDI.
"- Xmx4096m" - это количество памяти, которое MAX PDI будет использовать во время выполнения.
Эти числа указаны в мегабайтах, поэтому 2048m = ~ 2 ГБ ОЗУ
Лично я использую 2048m для запускаи 4096 м для максимального использования, и я запускаю процессы с 500 000 строк до почти 1 000 000 строк без проблем.