Стандарт Verilog не обеспечивает способ сделать это в одной симуляции.Ваша первая симуляция будет выполняться до тех пор, пока не изменится конкретный сигнал, создавая ваш первый файл VCD.Ваше второе моделирование должно было бы начать дамп во второй файл VCD при изменении конкретного сигнала.
Некоторые инструменты, такие как ModelSim / Questa, предоставляют параметры командной строки Tcl для дампирования в несколько файлов VCD.Вы бы отключили дамп в первый файл VCD, одновременно начав дамп во второй файл VCD.Пожалуйста, прочитайте руководство пользователя вашего инструмента.