Во-первых, вы можете спокойно игнорировать эти сообщения.Это известное условие после установки Mojave (macOS 10.14) или обновлений macOS 10.13.6+.
Вы можете попробовать удалить их, заставив ОС восстановить файлы совместимости (Apple использует другой формат библиотеки для разработки приложений macOS, но имеет уровень совместимости для "нормальной" разработки).Для этого выделите около 8 минут для быстрого подключения к Интернету, откройте командную строку (Terminal / iTerm) и выполните:
sudo mv /Library/Developer/CommandLineTools /Library/Developer/CommandLineTools.old
, затем выполните:
xcode-select --install
и следуйте инструкциям и подождите.
Повторно попробуйте свои компиляции пакета / источника, и если сообщения исчезнут, вы сможете безопасно выполнить:
sudo rm -rf /Library/Developer/CommandLineTools.old
, но оставив это дерево каталоговтам не должно быть никакого вреда (при условии, что у вас есть свободное место).