Посмотрев файл Info.plist в Skype (вы можете открыть его из ipa-файла, загруженного iTunes), вы можете сказать, что у него нет зарегистрированного URL, поэтому вы не сможете вызвать его из своего приложения.
Вы должны искать ключ с именем CFBundleURLTypes
(вы можете посмотреть на Twiterrific's для приложения, которое определено).
Обновление : Судя по всему, начиная с Skype 2.1, зарегистрирован зарегистрированный URL. Смотрите другие ответы на этот вопрос.