эффективное число

Question

В книге Гельмана эффективное число определяется следующим образом:

1. R hat
2. между - внутри MCMC дисперсионной последовательности, B и W
3. количество образцов MCMC, обозначенное n
4. число цепей, обозначенное m

Я не знаю, как samplig() вычислить дисперсионную последовательность между MCMC для случая chains=1.Поэтому я не могу рассчитать эти условия (B, W, m).Я хочу реализовать некоторый алгоритм в соответствии со статьей: https://arxiv.org/abs/1804.06788.

Грубо говоря, в этой статье построена некоторая тестовая статистика, которая равномерно распределена при нулевой гипотезе о том, что выборка MCMC верна.И если выборка MCMC не верна, то гистограмма статистики теста становится асимметричной, и это отклонение от однородности говорит нам, что MCMC содержит смещение.Я хочу реализовать, но он должен рассчитать вышеуказанные количества.

В rstan, есть ли такая функция для извлечения вышеуказанных количеств?Я думаю, что в процессе расчета статистических данных R вышеупомянутые величины B,W, m сохраняются в некотором месте в объекте stanfit S4.

Извините, я нашел n_eff, но я не знаю выбор m корпуса chains =1.

Answer 1

В случае, если оценивается только одна цепочка (что в любом случае не должно происходить), то m = 2, так как отрисовки после разогрева из одиночной цепочки делятся на первую половину и вторую половину.Этот метод разделения обсуждается в документации .