Трудно увидеть, что происходит без данных, и странные вещи, которые вы делаете, изменяя экстенты объектов.В приведенном ниже примере показано, что он должен работать:
library(raster)
library(icosa)
r <- raster()
values(r) <- 1:ncell(r)
large_grid <- hexagrid(c(2, 3))
large_grid <- newsp(large_grid)
map_grid <- SpPolygons(large_grid, res = 50)
plot(r)
lines(map_grid)
Плохое выравнивание, которое вы показываете , может быть вызвано изменением размераГрафик после рисования.
Он также отлично работает с вашими данными и (упрощенным) кодом:
library(icosa)
library(raster)
lad <- raster("f91xQIt.jpg")
extent(lad) = c(-180, 180, -90, 90)
crs(lad) <- "+proj=longlat +datum=WGS84"
large_grid <- hexagrid(c(2, 3))
large_grid <- newsp(large_grid)
map_grid <- SpPolygons(large_grid, res=50)
# I use image so that it is clearer where all the lines come from
image(lad)
plot(map_grid, col = NA, add = TRUE)
И степенькак и ожидалось
map_grid
#class : SpatialPolygons
#features : 362
#extent : -180, 180, -90, 90 (xmin, xmax, ymin, ymax)
#crs : +proj=longlat +a=6371007 +b=6371007