Если данные можно поместить в пакеты:
Используйте внешнюю программу для загрузки данных на компьютер и сохранения их в файл. Затем Matlab может читать из этого файла всякий раз, когда ему нужно больше данных. Таким образом, вы разделяете проблему на две управляемые части - и если вы используете достойную ОС, файл никогда не покинет ОЗУ, поэтому вам не придется беспокоиться о скорости.