ImageJ - Как извлечь координаты xy и z (серая шкала) из последовательности изображений - PullRequest
Новая
       73

ImageJ - Как извлечь координаты xy и z (серая шкала) из последовательности изображений

0 голосов
/ 19 декабря 2018

У меня есть последовательность изображений (приблизительно 600 изображений), из которой я хотел бы извлечь координаты x, y и флуоресценцию (z, шкалу серого) в ImageJ.«Анализировать -> Инструменты -> Сохранить координаты XY» идеально подходит и извлекает эти данные в CSV-файл;но я хотел бы сделать это для 600 изображений.Поэтому я попытался написать макрос, но у меня все еще есть проблемы с этим.

Вот мой настоящий макрос: 

function extractdata(input, output, filename) {
open(input + filename);
makeRectangle(169, 162, 891, 820);
run("Save XY Coordinates...", output + filename);
close()

input = "D:/Results/181212_5/";
output = "save=D:/Results/181212_5/";

setBatchMode(true); 
list = getFileList(input);
for (i = 0; i < list.length; i++)
      action(input, output, list[i]);
setBatchMode(false);

}

Он работает, но я неу меня нет ничего в конце в моей папке D: / Results / 181212_5 /.

В конце я хотел бы обработать эти данные, чтобы получить трехмерную карту моего изображения с интервалом времени (x, y, z; z меняется на каждом изображении).

Спасибо!

Аксель

...