обработка макроса imagej / fiji в биоформате - PullRequest
Новая
       117

обработка макроса imagej / fiji в биоформате

0 голосов
/ 31 октября 2019

Я пытаюсь создать макрос, который будет выполнять цикл через файл, содержащий изображения. Чтобы открыть изображения, я использую импортер Bio-Format, и код работает, однако, он предлагает мне каждый раз выбирать изображение в файле. Есть ли способ заставить его автоматически запускаться через файл? это мой код ниже ... любая помощь будет оценена ..

это некоторые другие форматы, которые я пробовал и до сих пор не могу заставить его работать 

run("Bio-Formats Importer", "open= + inputDirectory + fileList[i] color_mode=Default view=Hyperstack stack_order=XYCZT");

run("Bio-Formats Importer", "open(fileList) color_mode=Default rois_import=[ROI manager] split_channels view=Hyperstack stack_order=XYCZT");

run("Bio-Formats Importer", "open= + inputDirectory + fileList[i] color_mode=Default rois_import=[ROI manager] split_channels view=Hyperstack stack_order=XYCZT")

run("Bio-Formats", "open=" + fileList[i] " color_mode=Default  open_all_series rois_import=[ROI manager] split_channels view=Hyperstack stack_order=XYCZT");

run("Bio-Formats Importer", "open=["+fileList[i]+"] color_mode=Default view=Hyperstack stack_order=XYCZT series_"+d2s(j,0)); 


setBatchMode(true); 
inputDirectory = getDirectory("Choose a Directory of Image")

fileList = getFileList(inputDirectory);

for (i = 0; i < fileList.length; i++)
{
processImage(fileList[i]);
outputDirectory = "S:/Research/MLW/OUTPUT/";
outputFile = outputDirectory+fileList[i]+".csv";
saveAs("results",outputFile);
}

setBatchMode(false); 

function processImage(imageFile)
{
prevNumResults = nResults;  

run("Bio-Formats Macro Extensions"); 

run("Bio-Formats Importer", "open= + inputDirectory + fileList[i] color_mode=Default rois_import=[ROI manager] split_channels view=Hyperstack stack_order=XYCZT");  

   filename = getTitle();

run("Auto Threshold", "method=Yen white");
run("Skeletonize (2D/3D)");
...