Как запустить imageJ из терминала в текущей папке? - PullRequest
Новая
       76

Как запустить imageJ из терминала в текущей папке?

0 голосов
/ 21 мая 2018

Мне нужно запустить скрипт Фиджи (imageJ) из терминала на macOS.Используя код, приведенный ниже. 

/Applications/Fiji.app/Contents/MacOS/ImageJ-macosx --headless -macro ~/desktop/testing.ijm.ijm

И скрипт Фиджи, который мне нужно запустить, это 

dir = getDirectory("Where I need help");
run("Image Sequence...", "open=dir");
path=dir+"needsave.avi";
run("AVI... ", "compression=JPEG frame=5 save=&path");
close();

Однако я хочу, чтобы каталог был текущим местоположением в терминале.Например: 

MYs-MBP:~ csh;
[MYs-MBP:~] cd desktop/test/test2
[MYs-MBP:~/desktop/test/test2] /Applications/Fiji.app/Contents/MacOS/ImageJ-macosx --headless -macro ~/desktop/testing.ijm.ijm

и поэтому я буду обрабатывать все в test2 с помощью сценария Фиджи, который я пишу.

1 Ответ

0 голосов
/ 22 мая 2018

Используйте эту макрос-команду: 

cwd = call("java.lang.System.getProperty", "user.dir");

Обратите внимание, что этот вопрос был перекрестно опубликован в списке рассылки ImageJ ( 1 ) и на форуме ImageJ ( 2 *).1007 *).

В будущем при перекрестном размещении делайте ссылки на все другие места, где вы задаете вопрос, чтобы защитить время тех, кто отвечает на ваш вопрос.

...