ImageJ TIFF импортировать размеры изображения? - PullRequest
0 голосов
/ 02 марта 2020

У меня есть куча автоматически отсканированных слайдов с использованием сканера слайдов (Hamamatsu), который я могу экспортировать из программного обеспечения NDPview с различным увеличением. До сих пор я приближался к тому, где я получаю наилучшее разрешение для своего региона по интересам, и добавляю масштабную линейку на 1 мм (как 1000 мкм), используя встроенную опцию масштабной линейки в программном обеспечении просмотра NDP. Затем я экспортирую «представление» из NDPview в TIFF. Этот TIFF затем импортируется в ImageJ (Фиджи), где я устанавливаю масштаб, используя нарисованную мною шкалу. Это работало хорошо, но с более чем 500 изображениями сделать это немного сложно.

Поскольку TIFF импортирует в ImageJ с размерами в дюймах, я решил, что могу go в Image -> Properties и просто изменить единицу длины на гм. Чтобы проверить это, я выбрал область для измерения. Затем я сравнил это со своим старым методом ... и значения совершенно разные. Есть идеи почему? 1 - старый метод, 2 - новый метод.

results

Я удостоверился, что "убрал масштаб" в окне шкалы масштаба между каждым тестом. Размеры всего изображения тоже разные:

inches new method old method

1 Ответ

0 голосов
/ 02 марта 2020

Если все изображения имеют одинаковое увеличение и разрешение, то, если вы знаете измеренное расстояние (в пикселях) и физическое расстояние (в микронах или мм), вы можете установить его, используя Анализ> Установить масштаб ...

Чтобы сделать это в макросе, вы можете использовать

run("Set Scale...", "distance=255 known=1 pixel=1 unit=micron");

, где 255 - это расстояние в пикселях для вашего известного устройства (1 микрон). Это может быть применено ко всем файлам TIFF в папке, если вы перенесете эту строку в al oop, работая со всеми файлами TIFF, и сохраните каждое полученное изображение.

...