Я хочу извлечь подсеть большой трехмерной сети, реконструированной из 2D-фрагментов изображений.
Для обработки изображений на Фиджи необходимо выполнить следующие шаги: Шаг 1. 2D-фрагменты конфокальных изображений доступны здесь было загружено.
Шаг 2: Эти 2D-изображения загружаются на Фиджи (Файл -> Импорт -> Последовательность изображений).
Шаг 3: Поскольку количество 2D-срезов равно большой (1975 изображений), возникает нехватка памяти. Чтобы преодолеть эту проблему, изображения уменьшают на 4 (Изображение -> Масштаб -> Масштаб XYZ установлен на 0,25).
Шаг 4: После понижающей дискретизации я использую плагин 3D Viewer для восстановления 3D-объема из 2D-срезов с пониженной дискретизацией.
выше трехмерного объема имеются ветви кровеносных сосудов различной толщины, которые варьируются от 0 до 100 микрометров.
Что я хочу сделать? Я хочу извлечь только кровеносные сосуды, которые имеют толщину 0-10 микрометров. Я имею в виду кровеносные сосуды в диапазоне 0 - 10 микрометров как подсеть. Эта подсеть должна быть извлечена из трехмерного тома, показанного на вышеупомянутом изображении.
Для извлечения подсети я использую плагин локальной толщины на Фиджи.
Steps followed while using local thickness plugin:
//Step 1: Generates Local Thickness images
run(“Local Thickness (complete process)”, “threshold=1”);
// Step 2: Threshold it
setThreshold(1.0, 10.0);
// Step 3: Convert to mask
run(“Convert to Mask”, “method=Default background=Dark black”);
проблема, возникающая после выполнения вышеуказанных шагов:
3D, полученное после выполнения вышеуказанных шагов, имеет поврежденные фрагменты. 
Я не уверен, почему полученное 3D отключено.
Любые предложения о том, как избежать получения битых фрагментов, будут действительно полезны.
Выполненные шаги основаны на доступном посте здесь