Используйте ImageJ (Фиджи) - Макрос в Python - PullRequest
Новая
       90

Используйте ImageJ (Фиджи) - Макрос в Python

0 голосов
/ 12 июня 2019

Я написал макрос для Fiji ImageJ (1.52n) для анализа частиц. Кроме того, я написал код Python (3.7), который имеет дело с результатом Данные из анализа частиц.

Я бы хотел внедрить макрос ImageJ в код Python - поэтому запустите ImageJ из python, запустите макрос и закройте снова.

Пока я пробовал фиджибин (https://github.com/arve0/fijibin) и pyimagej (https://github.com/imagej/pyimagej).) Фиджибин не работает вообще. С pyimage импорт работает, но связь с imagej нет. Фиджибин вообще не работает.

Я использую функции numpy в python. 

Pyimagej Error (ij = imagej.init('D:\Fiji.app')):

File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "C:\ProgramData\Anaconda3\lib\site-packages\imagej\imagej.py", line 104, in init
    import imglyb
  File "C:\ProgramData\Anaconda3\lib\site-packages\imglyb\__init__.py", line 41, in <module>
    config, _ = _init_jvm_options()
  File "C:\ProgramData\Anaconda3\lib\site-packages\imglyb\__init__.py", line 36, in _init_jvm_options
    import scyjava
  File "C:\ProgramData\Anaconda3\lib\site-packages\scyjava\__init__.py", line 122, in <module>
    jnius = _init_jvm()
  File "C:\ProgramData\Anaconda3\lib\site-packages\scyjava\__init__.py", line 64, in _init_jvm
    mvn = str(subprocess.check_output(['mvn', '-v']))
  File "C:\ProgramData\Anaconda3\lib\subprocess.py", line 395, in check_output
    **kwargs).stdout
  File "C:\ProgramData\Anaconda3\lib\subprocess.py", line 472, in run
    with Popen(*popenargs, **kwargs) as process:
  File "C:\ProgramData\Anaconda3\lib\subprocess.py", line 775, in __init__
    restore_signals, start_new_session)
  File "C:\ProgramData\Anaconda3\lib\subprocess.py", line 1178, in _execute_child
    startupinfo)
FileNotFoundError: [WinError 2]

Я, кроме ImageJ, чтобы начать.

...