Проблема рисования RDKit: граф отпечатков пальцев не отображался с помощью команды Draw.DrawRDKitBit

Question

Я просто скопировал и вставил этот код из rdkit (https://www.rdkit.org/docs/GettingStartedInPython.html#generating-images-of-fingerprint-bits) Я ожидал создать графы. Однако я получил длинную строку.

from rdkit import Chem 
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem import Draw
mol = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc1CC1CC1')
bi = {}
fp = AllChem.GetMorganFingerprintAsBitVect(mol, radius=2, bitInfo=bi)
mfp2_svg = Draw.DrawMorganBit(mol, 872, bi)
rdkbi = {}
rdkfp = Chem.RDKFingerprint(mol, maxPath=5, bitInfo=rdkbi)
rdk_svg = Draw.DrawRDKitBit(mol, 1553, rdkbi)

Кто-нибудь знает, как решить эту проблему?проблема? Спасибо большое в продвинутом.

Я сейчас использую Python 3.6 и последнюю версию rdkit (2018.09.1.0) для Windows

Answer 1

Чтобы увидеть изображение в записных книжках IPython или Jupyter, просто добавьте

from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole

RDKit «GettingStarted» не использовал Ipython для примеров сценариев, поэтому импорт IPythonConsole никогда не объявляется, хотя это не такnew.

Загляните в блог RDKit или поищите в Интернете записные книжки, и вы увидите, что это стандарт.