Они обычно там, чтобы убедиться, что загрузка завершена и правильна.
Помогает одна проблема, связанная с безопасностью: злонамеренное изменение происходит в результате запуска трояна на целевой машине, вставляющего себя. По сути, это не «целевая» атака - троян просто «заражает» все, что может, исполняемый файл - он не будет достаточно умен, чтобы исправить хэш.