Это вызвано созданием полу-автономной версии , которая содержит символические ссылки на изначально установленные файлы, и, как вы говорите, ссылки теряются при архивировании / разархивировании, если только " -y * 1004" * "опция используется.
Альтернативное решение состоит в том, чтобы вместо этого создать standalone , который помещает (общедоступные) файлы в приложение и, таким образом, лучше выживает при архивировании / распаковывании и т. Д. Это также означает, что приложение более устойчиво к изменениям в базовой ОС. Недостатком является то, что он больше, и его сложнее настроить.
Чтобы создать автономную версию, вам нужно установить версию python.org, которую можно перепаковать.
Объяснение того, как это сделать, здесь , но прочтите комментарии, так как с момента написания поста в блоге произошли некоторые изменения.