R: Много проблем с обновлениями или установкой пакетов после обновления R или RStudio - PullRequest
Новая
       25

R: Много проблем с обновлениями или установкой пакетов после обновления R или RStudio

0 голосов
/ 23 декабря 2018

У меня возникло множество проблем при обновлении R или RStudio.Я получаю много этих проблем в течение следующих нескольких сеансов после обновления.Проблема очевидна на этой информации?Если нет, как я могу его диагностировать?

Проблемы принимают следующие формы:

  1. Пакеты, которые присутствуют в моей библиотеке R, выдают ошибки как отсутствующие.Чаще всего это tidyverse пакеты.
  2. Некоторые зависимости tidyverse не установлены, особенно stringi.Подобные проблемы встречаются реже с Hmisc.
  3. . Пакеты загружаются правильно, но я получаю сообщение об ошибке, указывающее, что более старую версию не удалось удалить.Эти ошибки исчезают, если я удаляю пакеты, указанные вручную, и устанавливаю их по отдельности.

  4. У меня возникают аналогичные проблемы, если я пытаюсь обновить tidyverse с помощью tidyverse_update, например:

    tidyverse :: tidyverse_update (recursive = TRUE) Ошибка в пространстве имен loadN (j <- i [[1L]], c (lib.loc, .libPaths ()), versionCheck = vI [[j]]): естьнет пакета с именем readr </p>

Это, хотя пакет readr на самом деле присутствует.

Я только что получил новое сообщение об ошибке при попытке установить readr по отдельности:

Предупреждение в install.packages: результат декодирования lzma 10 Предупреждение в install.packages: невозможно получить доступ к индексу для репозитория https://cran.case.edu/bin/windows/contrib/3.5: Линия начала 'Pac ...' искажена!

И при повторной попытке: 

Error in install.packages : invalid version specification ‘NA’

Обычно я начинаю сеанс с update.packages(ask=FALSE).У меня RStudio настроен так, чтобы всегда работать от имени администратора.Если меня спросят, я обычно устанавливаю из двоичных файлов, а не из исходного кода.

Я устанавливаю и загружаю группы пакетов, используя следующие функции: 

# Install packages (if not already installed)
in_packs <- function(packs){
  new_packs <- packs[!(packs %in% installed.packages()[,"Package"])]
  if(length(new_packs) < 1) print("Already installed.") else {
    install.packages(new_packs, dependencies = TRUE,      # move to fairR_fns 
                        repos=c("https://cran.case.edu/",
                                "https://cran.rstudio.com"))

# Load packages (if not already installed)
load_pks <- function(pks){
  invisible(sapply(X = pks[seq_along(pks)], FUN = library, character.only = TRUE))
}

Вот моя информация о сеансе. 

R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 
[2] LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_1.0.0       lubridate_1.7.4  lattice_0.20-38  tidyr_0.8.2     
 [5] assertthat_0.2.0 digest_0.6.18    R6_2.3.0         plyr_1.8.4      
 [9] backports_1.1.3  httr_1.4.0       ggplot2_3.1.0    pillar_1.3.1    
[13] rlang_0.3.0.1    lazyeval_0.2.1   stringr_1.3.1    munsell_0.5.0   
[17] broom_0.5.1      compiler_3.5.1   modelr_0.1.2     pkgconfig_2.0.2 
[21] tidyselect_0.2.5 tibble_1.4.2     crayon_1.3.4     dplyr_0.7.8     
[25] grid_3.5.1       nlme_3.1-137     jsonlite_1.6     gtable_0.2.0    
[29] magrittr_1.5     scales_1.0.0     cli_1.0.1        stringi_1.2.4   
[33] bindrcpp_0.2.2   generics_0.0.2   tools_3.5.1      forcats_0.3.0   
[37] glue_1.3.0       purrr_0.2.5      hms_0.4.2        yaml_2.2.0      
[41] colorspace_1.3-2 memoise_1.1.0    bindr_0.1.1      haven_2.0.0

1 Ответ

0 голосов
/ 02 февраля 2019

Я обнаружил, что большинство, хотя и не все, этих проблем исчезнет, ​​если я сделаю следующее:

  1. Убедитесь, что у меня открыт только один экземпляр R.
  2. Настройте и R, и RStudio для запуска с правами администратора.

Это немного сложнее, поскольку создание экземпляра RI, который выполняется, обычно запускается RStudio, а не мной.Для RStudio и R щелкните правой кнопкой мыши ярлык на рабочем столе или в меню «Пуск».На вкладке быстрого доступа выберите «Дополнительно».Затем установите флажок для запуска от имени администратора.Я также позволяю другим каталогам изменять каталог R в программных файлах, хотя я не уверен, что это было необходимо.Щелкните правой кнопкой мыши, выберите свойства, вкладку «Безопасность», выберите ВСЕ ПАКЕТЫ ПРИЛОЖЕНИЙ, нажмите кнопку «Изменить», установите флажок «Полный доступ».

Установите саму папку R и все ее подпапки как общие.(Имейте в виду, что это создает угрозу безопасности, если вы находитесь на общей машине).Щелкните правой кнопкой мыши на каталоге R - обычно в папке «Мои документы», а не в папке «Program Files» - и на вкладке «Обмен» нажмите «Отправить».

Из проблем, которые остаются, когда эти вещи были выполнены, большинство, по-видимому, вызвано, как правило, краткосрочными проблемами с копией репозитория.Такие проблемы могут беспокоить не только поврежденный (или любой другой) пакет, но также и его зависимости.Удалите папку с проблемным пакетом вручную, перезапустите R и, прежде чем загружать какие-либо пакеты, переключитесь на другой репозиторий.Затем установите как обычно

...