Авторы и членство в YAML RMarkdown

Question

Я знаю, что этот вопрос уже задавался в прошлом на этом форуме ( 1 , 2 , 3 ).Прежде чем вы отметите это как дублированный, я попробовал все ответы безуспешно.Большинство вопросов задавались давно, и некоторые обновления, связанные с pandoc, могут повлиять на результаты в настоящее время.

Проблема в том, что я пишу научную статью с использованием RMarkdown и хочу экспортировать результаты либо вФайлы HTML, PDF или Word.

Более важно то, что 12 авторов подписывают документы. Некоторые из авторов представляют более одной принадлежности , а некоторые авторы представляют одну и ту же принадлежность .

Мой вопрос очень ясен: как я могу отредактировать YAML, чтобы включитьвсе авторы со всеми филиалами в YAML для экспорта в разные форматы (HTML, PDF, DOC)?

Я пробовал этот YAML:

---
title: "My title"
author:
  - name: Mario Modesto-Mata^1,2^
    email: paleomariomm@gmail.com
  - name: Christopher^1^
  - name: Seaghán Mhartain^2^
  - name: Rita Yuri Ynoue^1^
address:
  - code: 1
    address: Instituto de Astronomía, Geofísica e Ciências Atmosféricas, Universidade de São Paulo
  - code: 2
    address: Faculdade de Medicina, Universidade de São Paulo
date: "1 October 2018"
output: 
  pdf_document: 
    number_sections: yes
    toc: yes
    toc_depth: 4
  word_document:
    toc: yes
  html_document:
    css: Scripts accesorios/estiloboton.css
    number_sections: yes
    theme: sandstone
    toc: yes
    toc_depth: 4
bibliography: references.bib
csl: science.csl
---

вывод PDF

Это то, что я вижу при экспорте в PDF файл .Rmd:

Вместо авторов я вижу trueи никаких связей.

вывод HTML

Я вижу авторов, а не все номера филиалов.Сами присоединения остаются скрытыми.

Вывод DOCX

Ни имена, ни присоединения не отображаются в конечном файле Word.

Моя система

Я использую последнюю версию RStudio (Версия 1.1.453), работающую на Linux Mint 19. Cinnamon.

ОБНОВЛЕНИЕ: оригинальный пример

---
title: "My title"
author:
  - Mario Modesto-Mata:
      email: paleomariomm@gmail.com
      institute: [cenieh, ucl1, ppex]
      correspondence: true
  - M. Christopher Dean:
    institute: [ucl2, nhm]
  - Yuliet Quintino:
    institute: ubu
  - Rebeca García-González:
    institute: ubu
  - Rodrigo S. Lacruz:
    institute: nyu
  - Timothy G. Bromage:
    institute: nyu
  - Cecilia García-Campos:
    institute: [cenieh, ucl1]
  - Marina Martínez de Pinillos:
    institute: cenieh
  - Laura Martín-Francés:
    institute: [bor, cenieh]
  - María Martinón-Torres:
    institute: [cenieh, ucl1]
  - Eudald Carbonell:
    institute: [iphes, urv]
  - Juan Luis Arsuaga:
    institute: [isciii, ucm]
  - José María Bermúdez de Castro:
    institute: [cenieh, ucl1]
institute:
  - cenieh: Centro Nacional de Investigación sobre la Evolución Humana (CENIEH), Paseo Sierra de Atapuerca 3, 09002, Burgos, Spain
  - ucl1: Department of Anthropology, University College London, London, WC1H 0BW, UK
  - ucl2: Department of Cell and Developmental Biology, University College London, Gower Street, London, WC1E 6BT, UK
  - ubu: Laboratorio de Evolución Humana, Unierisdad de Burgos, Edificio I+D+i, Burgos, Spain
  - ppex: Equipo Primeros Pobladores de Extremadura, Casa de Cultura Rodríguez Moñino, Cáceres, Spain
  - nhm: Centre for Human Evolution Research (CHER), Department of Earth Sciences, Natural History Museum, London, SW7 5BD, UK
  - nyu: New York University
  - bor: De la Préhistoire à l'Actuel - Culture, Environnement et Anthropologie, University of Bordeaux, CNRS, MCC, PACE, UMR 5199 F_33615, Pessac Cedex, France
  - iphes: Institut Català de Paleoecologia Humana i Evolució Social (IPHES), Zona Educacional 4, Campus Sescelades, Edifici W3, Universitat Rovira i Virgili, Tarragona, Spain
  - urv: Àrea de Prehistòria, Universitat Rovira i Virgili, Avinguda de Catalunya 35, 43002, Tarragona, Spain
  - isciii: Centro mixto UCM-ISCIII de Evolución y Comportamiento humanos, Madrid, Spain
  - ucm: Departamento de Geodinámica, Estratigrafía y Paleontología, Facultad de Ciencias Geológicas, Universidad Complutense de Madrid, Spain
date: "1 October 2018"
output: 
  pdf_document: 
    number_sections: yes
    toc: yes
    toc_depth: 4
    pandoc_args:
      - '--lua-filter=scholarly-metadata.lua'
      - '--lua-filter=author-info-blocks.lua'
  html_document:
    css: Scripts accesorios/estiloboton.css
    number_sections: yes
    theme: sandstone
    toc: yes
    toc_depth: 4
  word_document:
    toc: yes
    pandoc_args:
      - '--lua-filter=scholarly-metadata.lua'
      - '--lua-filter=author-info-blocks.lua'
bibliography: references.bib
csl: science.csl
---

Answer 1

Насколько мне известно, на данный момент не существует единого решения для всех размеров.

Если бы целью был только PDF, я бы предложил статьи от RStudio.Это здорово.

Решение, которое также работает с docx, сложнее.Одна из возможностей - использовать фильтры pandoc Lua .Репозиторий , собирающий полезные фильтры , содержит два фильтра, которые помогут вам: научные метаданные и авторские информационные блоки .(Важное замечание: я написал их.)

Поместите файлы .lua в свой каталог, немного измените структуру YAML и дайте команду pandoc запустить фильтры:

---
title: "My title"
author:
  - Mario Modesto-Mata:
      email: paleomariomm@gmail.com
      institute: [astro, med]
      correspondence: true
  - name: Christopher
    institute: astro
  - name: Seaghán Mhartain
    institute: med
  - name: Rita Yuri Ynoue
    institute: astro
institute:
  - astro: Instituto de Astronomía, Geofísica e Ciências Atmosféricas, Universidade de São Paulo
  - med: Faculdade de Medicina, Universidade de São Paulo
date: "1 October 2018"
output: 
  word_document:
    toc: yes
    pandoc_args:
      - '--lua-filter=scholarly-metadata.lua'
      - '--lua-filter=author-info-blocks.lua'
  pdf_document: 
    number_sections: yes
    toc: yes
    toc_depth: 4
    pandoc_args:
      - '--lua-filter=scholarly-metadata.lua'
      - '--lua-filter=author-info-blocks.lua'
---

Thisбудет вывод PDF:

, в то время как это выглядит в Word:

Информация о принадлежности и контактной информации добавляется в основной текст, поэтому над ней отображается ток.