Есть ли способ создать несколько отчетов из документа уценки, но сохранить встраивание изображений в HTML? - PullRequest
Новая
       55

Есть ли способ создать несколько отчетов из документа уценки, но сохранить встраивание изображений в HTML?

0 голосов
/ 15 мая 2019

У меня есть документ уценки, и я хочу создать из него несколько отчетов на основе переменной.Пример этого здесь (вроде обновленной версии this ):

Файл сценария: 

library(knitr)
library(markdown)
library(rmarkdown)
library(glue)
library(tidyverse)

iris_rmd <- iris %>% distinct(Species) %>% pull


for (i in iris_rmd){
  selected_iris <- iris_rmd[i]
  render(input = "test_iris.Rmd",  #the notebook file
         output_file =  glue("{i}_profile_{Sys.Date()}.html"), 
         output_dir = 'test_profiles')
}

Файл записной книжки: 

---
output: 
  html_document:
    self_contained: no
---

```{r, include = FALSE}
#DON'T KNIT
#RUN THE SCRIPT INSTEAD!!!
```


```{r, include = FALSE}
library(tidyverse)
library(glue)
```

```{r, include = FALSE}
# add variables
selected_iris <- i


data <- iris %>% 
  filter(Species == selected_iris)
```

```{r}
ggplot(data, aes(Sepal.Length, Sepal.Width)) +
  geom_point() + labs(title = glue("{selected_iris}"))
```

Мне пришлось изменить настройки на self_contained: no в заголовке YAML, как описано здесь: Преобразование документа pandoc завершилось ошибкой 67 , но это помещает изображения в отдельную папку.

ОднакоЯ хотел бы включить изображения в HTML-файл (встраивая их, как в обычной записной книжке).Я пробовал это тоже с той же ошибкой: R-markdown self_contained

Есть ли способ обойти это?

Детали версии: 

platform       x86_64-w64-mingw32          
arch           x86_64                      
os             mingw32                     
system         x86_64, mingw32             
status                                     
major          3                           
minor          5.2                         
year           2018                        
month          12                          
day            20                          
svn rev        75870                       
language       R                           
version.string R version 3.5.2 (2018-12-20)
nickname       Eggshell Igloo

А 

Rstudio 1.1.436
rmarkdown 1.12
rmarkdown::pandoc_version() ‘1.19.2.1’
...