Хотя чистые файлы Python компилируются в памяти при импорте, и после этого источник (почти) больше не актуален, это еще не конец истории.
Пакеты могут иметь дополнительные ресурсы, которые загружаются ленивоили ваша программа или ее зависимости могут загружать зависимые модули по требованию, поэтому при запуске во время обновления она может загружать неожиданные версии пакетов / ресурсов или даже наполовину обновленные пакеты.
Кроме того, native (=не только для Python) - файлы .pyd в Windows - это библиотеки DLL, которые загружаются в процессе импорта.Поскольку библиотеки DLL отображаются в памяти без совместного использования, замена их во время загрузки не разрешена, поэтому это может заблокировать обновление соответствующих пакетов.