Единственными артефактами, относящимися к Comodo, будут SSL-сертификат и ключ, указанные в ваших файлах nginx.conf (ssl_certificate_key и ssl_certificate и параметры).
Как только вы зарегистрируетесь для сертификата через Let's Encrypt (проверьте https://github.com/Neilpang/acme.sh) вы можете обновить конфигурацию Nginx, указав на эти файлы, а затем удалить файлы, имеющие сертификат и ключи, связанные с Comodo.
Запланируйте запуск клиента Let's Encrypt (acme.sh и т. Д.)периодически, а потом вам следует идти.