«Веб-приложение» в Visual Studio компилируется на вашем локальном компьютере, а затем загружается на сервер в виде DLL и некоторых вспомогательных файлов. «Веб-сайт» в Visual Studio организован с файлами кода в папке App_Code, а также с файлами .aspx и .aspx.cs. Для развертывания вы копируете все на сервер, а среда выполнения .NET на сервере выполняет компиляцию динамически при первом доступе к файлам.
Итак, чтобы сделать то, что вы просите, похоже, что вы должны преобразовать свое веб-приложение в веб-сайт. Затем просто заархивируйте все, скопируйте его на сервер, разархивируйте, и все готово.