У вас есть ссылки на проекты? Если ваш проект, который вы публикуете, зависит от другого проекта, он также должен автоматически компилироваться.
Если вы хотите сделать более сложные сценарии публикации, я рекомендую использовать MSBuild или NAnt.
Здесь - это краткое руководство по MSBuild.